Em 1898, alguns estudantes da cidade de Bremen, na Alemanha, ganharam um campeonato esportivo e tiveram como prêmio alguns artigos de variados esportes. Um deles foi uma bola de futebol, coisa rara naquele tempo em que a atividade mais popular do mundo ainda engatinhava. Os jovens ficaram surpresos em constatar que o jogo era emocionante, com muita ação e possibilidades. Assim, no dia 4 de fevereiro de 1899, fundaram o Football Club Werder Bremen. O nome foi escolhido em homenagem ao primeiro lugar em que os fundadores jogaram juntos, à beira de um rio. A palavra “werder” significa ilha fluvial.
A Primeira Guerra Mundial criou muitos problemas para a Alemanha e causou a extinção de vários clubes, mas o Werder Bremen perseverou e continuou existindo. Apesar disso, não foi tarefa fácil. Devido a dívidas contraídas na construção de seu estádio e a morte da maioria dos seus membros fundadores na guerra, a equipe só se manteve de pé devido à iniciativa de Hans Jarburg, que foi o técnico do clube depois do fim do conflito e conseguiu fazer com que o time seguisse no caminho das vitórias.
Assim que terminou a guerra, os sócios do Werder Bremen agiram com força para reestruturar o clube. De uma agremiação futebolística, passou a ser poliesportiva. Em 1920, mudou de nome para Sport Club Werder Bremen. A equipe seguiu conquistando vitórias nos torneios regionais que eram disputados na época e se tornou uma das maiores da Alemanha.
Durante o domínio de Hitler e a Segunda Guerra Mundial, o time prosperou. Com o fim desta era, o clube esteve, mais uma vez, próximo da extinção, já que o novo governo alemão proibiu a reestruturação de agremiações que tivessem funcionado durante o período nazista. Mas isso não durou muito e em dezembro de 1945 se recuperou.
Em 1961, o Werder Bremen derrotou o Kaiserslautern por 2 a 0 e se sagrou campeão nacional pela primeira vez, conquistando a Copa da Alemanha. Em 1964/1965, a equipe conseguiu vencer a Bundesliga (Campeonato Alemão), que havia sido estabelecida na temporada anterior. Depois disso, começou uma decadência que teria seu momento mais marcante em 1979/1980, quando o Werder Bremen foi rebaixado para a segunda divisão.
Não demorou muito para a equipe retornar à elite. Na temporada de 1982/1983, o Werder Bremen já estava de volta à primeira divisão nacional e terminou vice-campeão da Bundesliga. Depois de uma boa seqüência na década de 1980, inclusive sendo campeão alemão em 1987/1988, a maior glória veio no início dos anos 1990. Em 1992, a equipe derrotou o Mônaco na final da Recopa Europeia conquistando o título.
Em 1992/1993, veio mais um título da liga nacional. Depois disso, mais um período com resultados não mais do que medianos. A próxima conquista só viria em 1999, quando o Werder Bremen ganhou a Copa da Alemanha mais uma vez. Na temporada 2003/2004, a equipe venceu novamente o Campeonato Alemão.
Continentais Copa Intertoto da UEFA: 1
(1998) Recopa Européia: 1
(1991-92)Nacionais Campeonato Alemão: 4
(1964-65,1987-88,1992-93 e 2003-04) Copa da Alemanha: 6
(1961, 1991, 1994, 1999, 2004 e 2009) Copa da Liga Alemã: 1
(2006) Supercopa da Alemanha: 5
(1988, 1993, 1994, 2006, 2009)