O Bolton é mais um time médio da Inglaterra que é centenário. Sua fundação data de 1874, quando estudantes da Christ Church Sunday School, da cidade de Bolton, na grande Manchester, criaram um clube de recreação, com o objetivo de fomentar a prática do esporte. Três anos depois a nova agremiação adotaria o nome Bolton Wanderers.
No início, o time ganhou destaque disputando campeonatos regionais de menor expressão. O primeiro grande desafio da equipe foi em 1881/82, quando participou pela primeira vez da Copa da Inglaterra, o principal torneio à época.
Apesar de alguns insucessos, o time conseguiu se firmar como um dos notáveis daquele momento, tanto que foi convidado a participar da primeira edição do Campeonato Inglês, que aconteceu em 1888.
Até o fim do século XIX a única passagem memorável para a história do Bolton foi em 1895, quando o time passou a jogar no Burnden Park, um estádio recém-construído que, posteriormente, ficaria conhecido como um dos grandes palcos da história do futebol inglês. Em campo, o Bolton só fazia temporadas medianas. Apesar de não ficar ameaçado pela queda, também nunca chegou perto das primeiras posições.
A situação ficaria pior com a chegada do século XX. Logo em 1901/02, o time fez campanha ruim no Campeonato inglês e acabou relegado à segunda divisão. O retorno não demoraria a acontecer, mas mais uma vez não significaria briga por títulos. O Bolton começaria sua história como um dos times “elevador”, que costuma alternar muito de divisão.
As mudanças só começaram após a paralisação que aconteceu na segunda metade da década de 1910, em decorrência da Primeira Guerra Mundial. No início dos anos 1920, o Bolton conseguiu suas maiores glórias até os dias atuais.
Foi nesse período que o clube conquistou três de suas quatro Copas da Inglaterra. A primeira foi em 1922/23, diante de um público recorde para a época: 150 mil pessoas para a primeira final disputada no estádio de Wembley. Com David Jack e John Smith no elenco, o time bateu o West Ham (à época na segunda divisão) e conquistou o caneco.
David Jack ainda seria herói do segundo troféu da competição, vencido três anos depois. Na decisão contra o Manchester City, ele marcou o gol do título - a partida terminou 1 a 0.
A emoção também estaria presente no terceiro título. Desta vez, os responsáveis foram Billy Butler e Harold Blackmore, que marcaram os dois gols da vitória por 2 a 0 sobre o Portsmouth nos 15 minutos finais.
O bom momento, porém, acabaria com a chegada da década de 1930. Nesse período, o Bolton foi rebaixado novamente para a divisão inferior. O retorno aconteceria em 1934/35, e daria início a 29 anos consecutivos de permanência.
Estar entre os melhores, no entanto, não significou ser um deles, e o Bolton dificilmente conseguiu se aproximar das primeiras posições do Campeonato Inglês. Curiosamente, seu único grande momento foi deixado de lado pela situação em que aconteceu.
Durante a paralisação do Campeonato Inglês por causa da Segunda Guerra Mundial, que aconteceu entre os anos 1940 e 1946, os times continuaram em atividade disputando o que chamavam Campeonato de Futebol da Guerra. Esse torneio era dividido de acordo com as posições geográficas de cada equipe.
Em 1944/45, o Bolton venceu o Manchester United, na época já um dos maiores clubes do país, na ronda norte da disputa. No confronto com o Chelsea, campeão da ronda sul, o time novamente saiu-se vitorioso, e sagrou-se campeão do Campeonato Futebol da Guerra. O título, porém, não é reconhecido como um Campeonato Inglês.
Com o retorno das competições, o Bolton não mostrou o mesmo desempenho, e só voltaria a se destacar nos anos 1950. Na segunda metade daquele período, o time conseguiu seu quarto e último título da Copa da Inglaterra.
O grande artífice daquele troféu foi o selecionável Nat Lofthouse. Em 1957/58, na final contra o Manchester United, ele marcou os dois gols da vitória por 2 a 0. A geração vencedora, como outras na história da agremiação, duraria pouco.
Com isso, nas décadas subseqüentes, o Bolton voltaria à normalidade de idas e vindas no Campeonato inglês. Nunca conseguiu uma estabilidade na primeira divisão, nem uma campanha razoável entre os melhores.
Nos anos 1960 e 1970, o clube alternou-se entra a segunda e a primeira divisão. Na década de 1980, a situação ficou ainda pior. Isso porque, depois de algumas temporadas na terceira divisão, o time chegou, em 1987, a cair para a quarta.
Daí em diante, o time precisou de muito esforço para recuperar seu prestígio. Começou a fazê-lo em 1992/93, ao eliminar o poderoso Liverpool da Copa da Inglaterra. Dois anos depois, o Bolton alcançou novamente a primeira divisão. Desde então, o clube tem tido um desempenho mediano, com alguns sucessos em competições de mata-mata, como a final da Copa da Liga de 2003/04, perdida para o Middlesbrough.
Na temporada 2007/08, o Bolton tinha grandes esperanças em disputar bem os campeonato, porém apesar de muitas contratações, não obteve êxito . O time ficou em 16º lugar no Campeonato Ingles, nem chegou a uma vaga sequer na intertoto que pode dar uma vaga direta à Copa da UEFA.
Copa da Inglaterra: 4
(1922-23, 1925-26, 1928-29 e 1957-58.) Supercopa da Inglaterra: 1
(1958)